常見致病菌的治療涵蓋了白色念珠菌、熱帶念珠菌和光滑念珠菌。診斷真菌性尿路感染首先需要考慮患者是否存在其他併發問題，例如長期使用抗菌藥物、糖尿病先天畸形、神經源性膀胱、內建導管、迴腸膀胱術後引流管，以及免疫抑製劑的應用。
其次是根據臨床症狀判斷，真菌性尿路感染可能無症狀，這種情況通常表明念珠菌或其他真菌在尿路中生長定植而非感染。當出現造瘻口的念珠菌感染時，可能出現面板紅斑或膿皰。如果出現尿刺激症狀或膿尿，提示可能存在侵入性感染。腎或腎周膿腫可以由真菌尿引起，患者可能表現出急性腎盂腎炎的腰痛和發熱症狀。念珠菌或其他真菌引起的尿路感染主要影響腎臟，因此患者可能表現出急性腎盂腎炎症狀，有時還可能併發輸尿管梗阻。實驗室檢查方面，診斷真菌尿路感染主要依靠尿液真菌塗片和尿液真菌培養。
然而，這種情況下標本容易受到汙染。透過進行念珠菌肌動蛋白基因的PCR擴增可以提高真菌性尿路感染的診斷敏感性和特異性，達到100%。此方法還可以有效檢測危重患者的真菌性尿路感染和併發的真菌血癥。對於危重症患者併發真菌感染的情況，可考慮進行尿常規檢查、清潔中段尿檢查或經恥骨上膀胱穿刺抽吸尿液培養。
最後，影像學檢查方面，超聲檢查是排除腎臟和泌尿系統真菌感染的首選方法，B超和CT檢查可發現尿路系統中的真菌物質，並評估尿路梗阻情況。CT能更好地識別腎臟合併疾病或腎周膿腫。