肝性腦病以患者精神、神志改變為主要臨床表現，屬於中醫的神昏、厥證、暴不知人等疾病範疇。與古代文獻中瘟黃、臌脹等引起的神誌異常相似。病變主要發生在心腦，同時也波及肝腎。心為神之所主，腦是清竅所在，所以心腦受邪，則神明無法使用，神志不清。中醫理論將腦的功能歸類於心，說明腦受邪主要是由於痰溼、痰濁、痰熱矇蔽心竅，或心臟氣血陰陽衰敗，心神失去作用所致的昏迷。病機一般為肝腎衰竭、痰阻血瘀、清陽上不升、濁陰下不降、肝風內動且上蒙心竅。總體概括為實證和虛證，輕者為溼熱鬱結，重者為溼熱釀痰、矇蔽心包；虛證則為氣血陰陽衰敗，神明不用。臨床上首先需要辨別虛實。
實證表現為初期為溼熱鬱結，氣機不暢，心神失養而神志改變，進而發展為溼熱釀痰，矇蔽心包，出現神志昏蒙，常伴有譫語；嚴重時，邪毒深入，內閉心包，出現神昏譫語或昏迷不語，因熱極生風而引起手足抽搐，溼熱化毒薰灼肺胃，有腥臭味。虛證表現為大量嘔血、便血，臌脹、峻下過度導致氣血陰陽衰敗，精神極度衰竭，心神失守，神明不用，出現出汗肢冷、面色蒼白、昏迷不醒，且由於陰血虧虛、筋脈失養而出現手足抽搐。
基於上述傳統認識的肝性腦病病因和病機，結合現代醫學研究成果，有學者提出了新的學說。錢普明認為肝性腦病患者多是毒、溼、熱、火、痰、瘀、虛交織，相互為因果。其中毒一直是致病的主要因素，溼是毒演變的條件，熱是毒溼演變的產物，火是熱毒壅盛的表現，風是毒熱演變的表現，瘀是毒演變的病理結果，虛是毒的傷害後果。鄒良材認為肝性腦病可分為虛證和實證兩類，實證是邪毒侵襲心臟，屬於風、火、痰內閉，導致神明失守。虛證是正氣虛弱被邪氣侵襲所致，因陰陽氣血衰敗，精神衰竭導致神明不用。但是肝性腦病患者病情變化迅速，虛實交雜，病發可以以邪實為主，但正氣已經受到傷害；久病則容易出現正氣虛弱，但痰濁經常滯留導致難以清除。