凌恩明星产品eDNA再升级：海洋脊椎动物数据库上线！！

2023-09-22 11:15:56

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凌恩生物明星产品鱼类eDNA产品再次大升级！海洋脊椎动物数据库个性化定制服务上线！自建海洋脊椎动物个性化数据库，更全面的物种分类，更完善的分析内容！！

eDNA宏条形码技术在海洋物种多样性调查研究中的优势明显，相比于传统的捕捞、拖网监测技术，eDNA宏条形码技术灵敏度更高，能够检出更多的海洋脊索物种，并且具有高时效性，在水生生态系统物种监测中的意义不可低估。

凌恩生物基于MitoFish和GenBank等公共数据库，自建了覆盖全面、准确、丰富的海洋脊椎动物个性化数据库，包括鱼类、海洋哺乳动物（鲸类、海象、海狮、海豹等）。本次升级的海洋脊椎动物数据库数据库具体信息如下：

  • 脊索动物线粒体基因组数据库mitogenomes(http://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/download.html)，最新版本含有线粒体序列数量：811468，原来老版本序列数量：705284；提升比例：15%。

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Mitogenomes数据库

最新版本数据库收录物种数量

42015个物种

1个门

Chordata脊索动物门

7个纲

Actinopteri辐鳍鱼纲、Chondrichthyes软骨鱼纲、Cladistia腕鳍鱼纲、Hyperoartia七鳃鳗纲、Myxini盲鳗纲、Mammalia哺乳动物纲、norank未知纲

88个目

Acanthuriformes刺尾鱼目、Acipenseriformes鲟形目、Acropomatiformes剑鳍鱼目、Batrachoidiformes蛙鳉目、Beloniformes鳞鲿目、Beryciformes古鲷目、Blenniiformes角鳍鱼目等

577个科

Acanthuridae刺尾鱼科、Acestrorhynchidae针鱼科、Acheilognathidae鳊科、Badidae石鲈科、Bagridae鳗鲶科、Balistidae石斑鱼科等

4559个属

Acestridium鲈鳉属、Acestrocephalus钝颌鱼属、Acestrorhynchus鱼鳄属、Acheilognathus鳅鱼属、Bagarius大头鲶属、Bagre鲶属等

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  • FishCOI数据库，根据最新Genbank数据整理，最新版本收录线粒体序列数量：223373。原来老版本序列数量：189372；提升比例：18%。

FishCOI数据库

最新版本数据库收录物种数量

25616个物种

1个门

Chordata脊索动物门

8个纲

Actinopteri辐鳍鱼纲、Chondrichthyes软骨鱼纲、Cladistia腕鳍鱼纲、Hyperoartia七鳃鳗纲、Myxini盲鳗纲、Leptocardii头索纲、Mammalia哺乳动物纲、norank未知纲

89个目

Acanthuriformes刺尾鱼目、Acipenseriformes鲟形目、Acropomatiformes剑鳍鱼目、Albuliformes白鲈目、Alepocephaliforme脂鲱目、Esociformes似鲈目、Gadiformes鳕形目等

558个科

Aulorhynchidae长吻鱼科、Aulostomidae海箭鱼科、Badidae石鲈科、Bagridae鳗鲶科、Balistidae石斑鱼科、Balitoridae梳鳅科等

3951个属

Agonus棘鱼属、Agosia阿戈西亚鱼属、Aguarunichthys阿瓜鲈属、、Chrysichthys金鲨属、Chrysiptera蓝鲂属、Dalatias眼斑鲨属、Dallia 戴氏鱼属、Dalophis眼斑鳝属等

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  • 首次添加Cetacea鲸目物种；1个纲，1个目（Artiodactyla偶蹄目），13个科，35个属，62个种。

首次添加哺乳动物纲鲸类物种

1个纲

Mammalia哺乳动物纲

1个目

Artiodactyla偶蹄目（Cetacea鲸下目）

13个科

Balaenidae露脊鲸科，Balaenopteridae须鲸科，Delphinidae海豚科，Eschrichtiidae灰鲸科，Iniidae河豚科，Lipotidae白暨豚属，Monodontidae一角鲸科，Neobalaenidae侏露脊鲸科，Physeteridae抹香鲸科，Platanistidae淡水豚科，Pontoporiidae海豚总科，Ziphiidae剑吻鲸科，Phocoenidae鼠豚科

35个属

Balaena露脊鲸、Balaenoptera鳁鲸属、Berardius贝喙鲸属、Caperea小露脊鲸属、Delphinapterus白鲸属、Delphinus真海豚属、Eschrichtius如灰鲸属、Feresa侏虎鲸属等

62个种

Balaenoptera bonaerensis南极小须鲸、Balaenoptera borealis塞鲸、Balaenoptera brydei布氏鲸、Balaenoptera eden小布氏鲸、Caperea marginata小露脊鲸、Delphinapterus leucas白海豚、Eschrichtius robustus灰鲸、Feresa attenuata小虎鯨等

  • 首次添加Carnivora食肉目物种：3个科（Odobenidae海象科，Otariidae海狮科，Phocidae海豹科），21个属，36个种。

  • 更完整的海水、淡水鱼类分类，包括18686个淡水鱼类名录、17828 个海水鱼类名录。

  • 增加濒危物种鱼类分析：查询“中国生物多样性红色名录”得到濒危鱼类数量：1586个，其中1322个淡水鱼类、65个海水鱼类、264个无法分类。

  • 物种添加了中文名称描述，更适合中国老师，例如：“d__Eukaryota;p__Chordata;c__Actinopteri;o__Cypriniformes;f__Xenocyprididae;g__Hypophthalmichthys;s__Hypophthalmichthysmolitrix”，中文名为：“脊索动物门；辐鳍鱼纲；鲤形目；鳃鱼科；鲟鲢属；鲢鱼”。

  • 添加了鱼类物种图片，更利于老师分析。

  • 增加潜在外来物种检测分析。

  • 老师自选物种构建个性化数据库。

凌恩生物海洋脊索动物eDNA项目结题报告增加分析内容：

1、增加各分类水平鱼类拉丁名对应的中文名称

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2、增加濒危物种鱼类统计分析，濒危等级（https://m.thepaper.cn/baijiahao_12141475）：灭绝（EX）、极危（CR）、濒危（EN）、易危（VU）、近危（NT）、无危（LC）、数据缺乏（DD）。

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3、增加每检出种鱼类的图片

结果目录：fish-figure/，检出鱼类图片，文件名即对应鱼类：g__属名_s__种名.图片编号.jpg。

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4、潜在外来物种识别统计分析，根据检出的鱼类物种名称，在FishBase数据库中获得该物种在全球水环境中的主要分布地区，结果如下表所示，根据物种主要分布地区与研究地区的比较，识别可能的外来入侵物种。

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部分分析图片展示：

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快来联系我们，开展海洋脊索动物eDNA项目检测分析吧！！

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