1、家族遺傳：有不少示例顯示，兄弟姐妹或父母與子女同時患先天性心臟病的情況相當普遍，並且這種疾病的性質非常相似。如果媽媽的第一胎患有先天性心臟病，那麼第二胎患病的可能性大約為2％左右。如果連續兩胎都是先天性心臟病，那麼再生的孩子患先天性心臟病的可能性可能增加到10％。如果媽媽本身患有先天性心臟病，那麼第二代患病的風險為10％。
2、糖尿病：如果孕婦患有糖尿病且沒有得到治療和控制，那麼導致胎兒先天性心臟病的風險約為2％。如果在妊娠早期成功控制病情，那麼風險將會降低。如果孕婦在妊娠早期接觸到致畸藥物，如鋰、苯妥英鈉或類固醇等，那麼導致胎兒先天性心臟病的發病率可能達到2％。而妊娠早期過量接觸放射性物質，如X射線、同位素等，也會增加胎兒先心病的發病風險。
3、病毒感染：在婦女懷孕的最初3個月，尤其是在懷孕3周到8周之間，如果遭到病毒感染，胎兒易發生心臟血管畸形。其中，風疹病毒是導致胎兒先天性心臟病的主要病原體。此外，流感、流行性腮腺炎、柯薩奇病毒、皰疹病毒等病毒也可能導致胎兒先心病的發生。
4、近親婚配：近親婚配是引發胎兒畸形和先天性心臟病的高危因素。
5、不良習慣：如果孕婦吸菸或者丈夫吸菸，或者妻子被動吸菸，都會增加胎兒畸形和小兒先天性心臟病的發生風險。有吸菸母親所生嬰兒患先天性心臟病的發病率是沒有吸菸母親所生嬰兒的兩倍。如果夫妻在酒後發生性行為導致受孕，那麼會導致胎兒染色體異常，同時生下患酒精中毒症的嬰兒，大部分還伴有心臟血管異常。